分离培养法 | 采用接种及菌落计数的方法,通过观察微生物的生理特性及形态构造等进行分类鉴定 | 要求简单,适合分离特定功能的微生物 | 局限性大,不能单独分离共生细菌 |
16S r RNA基因序列 | 通过比较分析16S r RNA基因序列,从而在微生物系统发育上进行分类 | 能动态观察群落变化 | 需要与已有的序列比对 |
高通量测序 | 将DNA(c DNA)随机片段化、加接头,制备测序文库,对文库中数以万计的克隆进行延伸反应,检测对应的信号,最终获取序列信息 | 快捷,处理量大,一次可对几百万条DNA分子进行分析 | 信息的分析和解读能力不足 |
宏基因组学 | 对环境样品中全部微生物的总DNA(宏基因组)进行克隆,并通过构建宏基因组文库和对比筛选等手段获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息 | 可发现难培养或不可培养微生物以及相关的功能基因 | 文库所包含的微生物基因不全面 |
实时定量PCR | 测量和鉴别非常微量的特异性DNA片段,通过监测CT值而实现对原始目标基因的含量定量 | 高效快速、操作简便、高度敏感 | 非特异性扩增和扩增偏差 |